Le Japon compte 88 universités nationales. Les liens vers leurs pages d’accueil en anglais (lorsque celles-ci existent) sont regroupées ci-dessous par région.
Hokkaido
Tohoku
Kinki
- Université de Kyoto
- Faculté d’éducation de Kyoto
- Institut de technologie de Kyoto
- Université d’Osaka
- Faculté de langues étrangères d’Osaka
- Faculté d’éducation d’Osaka
- Faculté d’éducation de Hyogo
- Université de Kobe
- Faculté d’éducation de Nara
- Université pour filles de Nara
- Université de Wakayama
- AIST, Hokuriku
- AIST, Nara
Chubu
- Université de Niigata
- Faculté de technologie de Nagaoka
- Faculté d’éducation de Joetsu
- Université de Yamanashi
- Université de Shinshû
- Université de Toyama
- Faculté de médecine et de pharmacie de Toyama
- Université de Kanezawa
- Université de Fukui
- Université de Gifu
- Université de Shizuoka
- Faculté de médecine de Hamamatsu
- Université de Nagoya
- Faculté d’éducation d’Aichi
- Faculté de technologie de Nagoya
- Faculté de science et de technologie de Toyohashi
- Université de Mie
- Université de Shiga
- Faculté de médecine de Shiga
Kanto
- Université de Tokyo
- Faculté de médecine de Tokyo
- Université de langues étrangès de Tokyo
- Université des arts et sciences de Tokyo
- Faculté d’agriculture et de technologie de Tokyo
- Faculté des beaux-arts de Tokyo
- Institut de technologie de Tokyo
- Faculté d’océanographie de Tokyo
- Institut national d’études politiques
- Université d’Ibaraki
- Université de Tsukuba
- Université d’Utsunomiya
- Université de Gunma
- Université de Saitama
- Université de Chiba
- Université d’Ochanomizu
- Université des communications électriques
- Université d’Ichinobashi
- Université nationale de Yokohama
- Université d’études avancées
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